Das Leben des Antonius ist in der Vita Antonii (um 360) des Athanasius (um 300–373), des Bischofs von Alexandria, überliefert. Antonius wurde demnach im Dorf Kome nahe dem mittelägyptischen Herakleopolis (heute Qiman al-‚Arûs im Gouvernement al-Fayyum) als Sohn wohlhabender christlicher Bauern geboren. Als er etwa zwanzig Jahre alt war, starben seine Eltern. In der Kirche hörte er das Bibelwort: „Wenn du vollkommen sein willst, geh, verkauf deinen Besitz und gib das Geld den Armen; so wirst du einen bleibenden Schatz im Himmel haben; dann komm und folge mir nach!“ (Mt. 19,21)
Nachdem er seinen Besitz verschenkt und seine jüngere Schwester in die Obhut einer Gemeinschaft geweihter Jungfrauen gegeben hatte, zog er sich in die Einsamkeit zurück, zuerst in eine Hütte in der Nähe seines Dorfes, später in eine alte Grabkammer. Ein Freund versorgte ihn mit Nahrung und fand ihn dort eines Tages bewusstlos.Nach seiner Genesung zog er weiter in ein verlassenes Kastell am östlichen Nilufer am Rand der Wüste, wo er 20 Jahre lang lebte. Als seine Anhänger die Tür aufbrachen, fanden sie Antonius unversehrt und bei guter körperlicher und geistiger Gesundheit vor. Seine letzten Lebensjahrzehnte verbrachte er in der arabischen Wüste am Berg Kolzim oberhalb des heutigen Ortes Zafarana in Sichtweite des Golfs von Sues, wo er nach einem langen asketischen Leben starb.
Während seines langen Wüstenaufenthalts wurde Antonius immer wieder von quälenden Visionen heimgesucht. Der Teufel soll ihm in verschiedener Gestalt erschienen sein, um ihn von seinem asketischen Leben abzubringen. Ob Antonius, wie Athanasios berichtet, tatsächlich seine Einsiedelei verließ und Reisen nach Alexandria unternahm, um den Märtyrern beizustehen oder bei den arianischen Streitigkeiten einzugreifen, ist historisch nicht nachgewiesen. Antonius wurde wegen seines energischen Widerstandes gegen die ihm auferlegten Versuchungen als Mann Gottes (theios aner) verehrt. Zahlreiche Verehrer, die ihn in der Wüste in seiner Einsiedelei aufsuchten, beeindruckte er durch Wunderheilungen und Dämonenaustreibungen.[:ru]